ColMajor

examples/EMSchur3D-vtk.cpp

     // And solve
 
     // Use BiCGSTAB Diagonal preconditioner
-    //auto EM3D = EMSchur3D< Eigen::BiCGSTAB<Eigen::SparseMatrix<Complex, Eigen::RowMajor>, Eigen::IncompleteLUT<Complex> > >::NewSP();
-    //auto EM3D = EMSchur3D< Eigen::BiCGSTAB<Eigen::SparseMatrix<Complex, Eigen::RowMajor> > >::NewSP();
+    auto EM3D = EMSchur3D< Eigen::BiCGSTAB<Eigen::SparseMatrix<Complex, Eigen::ColMajor>, Eigen::IncompleteLUT<Complex> > >::NewSP();
+    //auto EM3D = EMSchur3D< Eigen::BiCGSTAB<Eigen::SparseMatrix<Complex, Eigen::ColMajor> > >::NewSP();
 
     // LS CG
-    //auto EM3D = EMSchur3D< Eigen::LeastSquaresConjugateGradient<Eigen::SparseMatrix<Complex, Eigen::RowMajor> > >::NewSP();
+    //auto EM3D = EMSchur3D< Eigen::LeastSquaresConjugateGradient<Eigen::SparseMatrix<Complex, Eigen::ColMajor> > >::NewSP();
 
     // CG...dangerous
-    //auto EM3D = EMSchur3D< Eigen::ConjugateGradient<Eigen::SparseMatrix<Complex, Eigen::RowMajor>, Eigen::Lower > >::NewSP();
-    //auto EM3D = EMSchur3D< Eigen::ConjugateGradient<Eigen::SparseMatrix<Complex, Eigen::RowMajor>, Eigen::Lower, Eigen::IncompleteCholesky<Complex> > >::NewSP();
+    //auto EM3D = EMSchur3D< Eigen::ConjugateGradient<Eigen::SparseMatrix<Complex, Eigen::ColMajor>, Eigen::Lower > >::NewSP();
+    //auto EM3D = EMSchur3D< Eigen::ConjugateGradient<Eigen::SparseMatrix<Complex, Eigen::ColMajor>, Eigen::Lower, Eigen::IncompleteCholesky<Complex> > >::NewSP();
 
     // LU direct
-    auto EM3D = EMSchur3D< Eigen::SparseLU<Eigen::SparseMatrix<Complex, Eigen::RowMajor>, Eigen::COLAMDOrdering<int> > >::NewSP();
+    //auto EM3D = EMSchur3D< Eigen::SparseLU<Eigen::SparseMatrix<Complex, Eigen::ColMajor>, Eigen::COLAMDOrdering<int> > >::NewSP();
 
     EM3D->SetRectilinearGrid( gimp->GetGrid() );
 

examples/EMSchur3D.cpp

 int main( int argc, char** argv ) {
 
     // BiCGSTAB Diagonal preconditioner
-    auto EM3D = EMSchur3D< Eigen::BiCGSTAB<Eigen::SparseMatrix<Complex, Eigen::RowMajor>, Eigen::IncompleteLUT<Complex> > >::NewSP();
+    auto EM3D = EMSchur3D< Eigen::BiCGSTAB<Eigen::SparseMatrix<Complex, Eigen::ColMajor>, Eigen::IncompleteLUT<Complex> > >::NewSP();
 
     if (argc < 3) {
         std::cout << "EMSchur3D  <rgrid>  <1dmod> <3dmod>  <aemsurvey> " << std::endl;

include/EMSchur3D.h

          */
         static std::shared_ptr< EMSchur3D > NewSP() {
             return std::make_shared< EMSchur3D<Solver> >( ctor_key() );
-            //return std::make_shared< EMSchur3D< Eigen::BiCGSTAB<Eigen::SparseMatrix<Complex, Eigen::RowMajor> > > >( ctor_key() ) ;
+            //return std::make_shared< EMSchur3D< Eigen::BiCGSTAB<Eigen::SparseMatrix<Complex, Eigen::ColMajor> > > >( ctor_key() ) ;
         }
 
         /** Default protected constructor, use New */
         VectorXcr ADiv = D*A;  // ADiv == RHS == D C^I Se
         VectorXcr Error = ((Cc.selfadjointView<Eigen::Lower>()*A).array() - Se.array());
         logio << "|| Div(A) || = " << ADiv.norm()
-                // << " in " << iter_done << " iterations"
-              //<<  " with error " << errorn << "\t"
               << "\tInital solution error="<<   Error.norm()  // Iteritive info
-//              << "\tSolver reported error="<<   CSolver[iw].error()  // Iteritive info
+              << "\tSolver reported error="<<   CSolver[iw].error()  // Iteritive info
               << "\ttime " << timer.end() / 60. << " [m]   "
-//             <<  CSolver[iw].iterations() << "  iterations"
-            << std::endl;
+              <<  CSolver[iw].iterations() << "  iterations"
+              << std::endl;
 
         //VectorXcr ADivMAC = ADiv.array() * MAC.array().cast<Complex>();
         //logio << "|| Div(A) || on MAC grid " << ADivMAC.norm() << std::endl;
         A = CSolver[iw].solve( (Se-E).eval() ); // UmfPack requires eval?
 
         VectorXcr ADiv2 = D*A;
-        logio << "|| Div(A) || = " << ADiv2.norm() ;
+
+        //logio << "|| Div(A) || = " << ADiv2.norm() ;
               //" in " << iter_done << " iterations"
               //<<  " with error " << errorn << "\t";
 
         // Report error of solutions
         Error = ((Cc.selfadjointView<Eigen::Lower>()*A).array() + E.array() - Se.array());
-        logio << "\tsolution error " << Error.norm()
-              << std::fixed << std::setprecision(2) << "\ttime " << timer.end()/60. << "\ttotal time " << timer2.end()/60. << std::endl;
+        //logio << "\tsolution error " << Error.norm()
+        //      << std::fixed << std::setprecision(2) << "\ttime " << timer.end()/60. << "\ttotal time " << timer2.end()/60. << std::endl;
+        //      << "\tSolver reported error="<<   CSolver[iw].error()  // Iteritive info
+        //      << "\ttime " << timer.end() / 60. << " [m]   "
+        //      <<  CSolver[iw].iterations() << "  iterations"
+
+
+        logio << "|| Div(A) || = " << ADiv2.norm()
+              << "\tInital solution error="<<   Error.norm()  // Iteritive info
+              << "\tSolver reported error="<<   CSolver[iw].error()  // Iteritive info
+              << "\ttime " << timer.end() / 60. << " [m]   "
+              <<  CSolver[iw].iterations() << "  iterations"
+              << std::endl;
         logio.close();
 
         //////////////////////////////////////
 
     #ifdef HAVE_SUPERLUMT
     template<>
-    void EMSchur3D< Eigen::SuperLU<Eigen::SparseMatrix<Complex, Eigen::RowMajor> > >::BuildCDirectSolver() {
+    void EMSchur3D< Eigen::SuperLU<Eigen::SparseMatrix<Complex, Eigen::ColMajor> > >::BuildCDirectSolver() {
 
-        CSolver = new Eigen::SuperLU<Eigen::SparseMatrix<Complex, Eigen::RowMajor> > [Omegas.size()];
+        CSolver = new Eigen::SuperLU<Eigen::SparseMatrix<Complex, Eigen::ColMajor> > [Omegas.size()];
 
         for (int iw=0; iw<Omegas.size(); ++iw) {
             jsw_timer timer;
     #endif
 
     template<>
-    void EMSchur3D< Eigen::SparseLU<Eigen::SparseMatrix<Complex, Eigen::RowMajor>, Eigen::COLAMDOrdering<int> > >::BuildCDirectSolver() {
-        CSolver = new Eigen::SparseLU<Eigen::SparseMatrix<Complex, Eigen::RowMajor>, Eigen::COLAMDOrdering<int> > [Omegas.size()];
+    void EMSchur3D< Eigen::SparseLU<Eigen::SparseMatrix<Complex, Eigen::ColMajor>, Eigen::COLAMDOrdering<int> > >::BuildCDirectSolver() {
+        CSolver = new Eigen::SparseLU<Eigen::SparseMatrix<Complex, Eigen::ColMajor>, Eigen::COLAMDOrdering<int> > [Omegas.size()];
         for (int iw=0; iw<Omegas.size(); ++iw) {
             jsw_timer timer;
             timer.begin();
     }
 
 //     template<>
-//     void EMSchur3D< Eigen::CholmodSupernodalLLT< Eigen::SparseMatrix<Complex, Eigen::RowMajor>, Eigen::Lower > > ::BuildCDirectSolver() {
-//         CSolver = new Eigen::CholmodSupernodalLLT< Eigen::SparseMatrix<Complex, Eigen::RowMajor>, Eigen::Lower > [Omegas.size()];
+//     void EMSchur3D< Eigen::CholmodSupernodalLLT< Eigen::SparseMatrix<Complex, Eigen::ColMajor>, Eigen::Lower > > ::BuildCDirectSolver() {
+//         CSolver = new Eigen::CholmodSupernodalLLT< Eigen::SparseMatrix<Complex, Eigen::ColMajor>, Eigen::Lower > [Omegas.size()];
 //         for (int iw=0; iw<Omegas.size(); ++iw) {
 //             Csym = Cvec[iw].selfadjointView<Eigen::Lower>();
 //             jsw_timer timer;
 //     }
 
 //     template<>
-//     void EMSchur3D< Eigen::CSymSimplicialLLT< Eigen::SparseMatrix<Complex, Eigen::RowMajor>, Eigen::Lower, Eigen::NaturalOrdering<int> > > ::BuildCDirectSolver() {
-//         CSolver = new Eigen::CSymSimplicialLLT< Eigen::SparseMatrix<Complex, Eigen::RowMajor>, Eigen::Lower, Eigen::NaturalOrdering<int> > [Omegas.size()];
+//     void EMSchur3D< Eigen::CSymSimplicialLLT< Eigen::SparseMatrix<Complex, Eigen::ColMajor>, Eigen::Lower, Eigen::NaturalOrdering<int> > > ::BuildCDirectSolver() {
+//         CSolver = new Eigen::CSymSimplicialLLT< Eigen::SparseMatrix<Complex, Eigen::ColMajor>, Eigen::Lower, Eigen::NaturalOrdering<int> > [Omegas.size()];
 //         for (int iw=0; iw<Omegas.size(); ++iw) {
 //             Csym = Cvec[iw].selfadjointView<Eigen::Lower>();
 //             jsw_timer timer;
 //     }
 //
 //     template<>
-//     void EMSchur3D< Eigen::CSymSimplicialLLT< Eigen::SparseMatrix<Complex, Eigen::RowMajor>, Eigen::Lower, Eigen::AMDOrdering<int> > > ::BuildCDirectSolver() {
-//         CSolver = new Eigen::CSymSimplicialLLT< Eigen::SparseMatrix<Complex, Eigen::RowMajor>, Eigen::Lower, Eigen::AMDOrdering<int> > [Omegas.size()];
+//     void EMSchur3D< Eigen::CSymSimplicialLLT< Eigen::SparseMatrix<Complex, Eigen::ColMajor>, Eigen::Lower, Eigen::AMDOrdering<int> > > ::BuildCDirectSolver() {
+//         CSolver = new Eigen::CSymSimplicialLLT< Eigen::SparseMatrix<Complex, Eigen::ColMajor>, Eigen::Lower, Eigen::AMDOrdering<int> > [Omegas.size()];
 //         for (int iw=0; iw<Omegas.size(); ++iw) {
 //             //Csym = Cvec[iw].selfadjointView<Eigen::Lower>();
 //             jsw_timer timer;
 //     }
 //
 //     template<>
-//     void EMSchur3D< Eigen::CSymSimplicialLDLT< Eigen::SparseMatrix<Complex, Eigen::RowMajor>, Eigen::Lower, Eigen::AMDOrdering<int> > > ::BuildCDirectSolver() {
-//         CSolver = new Eigen::CSymSimplicialLDLT< Eigen::SparseMatrix<Complex, Eigen::RowMajor>, Eigen::Lower, Eigen::AMDOrdering<int> > [Omegas.size()];
+//     void EMSchur3D< Eigen::CSymSimplicialLDLT< Eigen::SparseMatrix<Complex, Eigen::ColMajor>, Eigen::Lower, Eigen::AMDOrdering<int> > > ::BuildCDirectSolver() {
+//         CSolver = new Eigen::CSymSimplicialLDLT< Eigen::SparseMatrix<Complex, Eigen::ColMajor>, Eigen::Lower, Eigen::AMDOrdering<int> > [Omegas.size()];
 //         for (int iw=0; iw<Omegas.size(); ++iw) {
 //             Csym = Cvec[iw].selfadjointView<Eigen::Lower>();
 //             jsw_timer timer;
 
 
     template<>
-    void EMSchur3D< Eigen::BiCGSTAB<Eigen::SparseMatrix<Complex, Eigen::RowMajor>, Eigen::IncompleteLUT<Complex> > > ::BuildCDirectSolver() {
-        CSolver = new Eigen::BiCGSTAB<Eigen::SparseMatrix<Complex, Eigen::RowMajor>, Eigen::IncompleteLUT<Complex> > [Omegas.size()];
+    void EMSchur3D< Eigen::BiCGSTAB<Eigen::SparseMatrix<Complex, Eigen::ColMajor>, Eigen::IncompleteLUT<Complex> > > ::BuildCDirectSolver() {
+        CSolver = new Eigen::BiCGSTAB<Eigen::SparseMatrix<Complex, Eigen::ColMajor>, Eigen::IncompleteLUT<Complex> > [Omegas.size()];
         for (int iw=0; iw<Omegas.size(); ++iw) {
             Csym = Cvec[iw].selfadjointView<Eigen::Lower>();
-            CSolver[iw].preconditioner().setDroptol(1e-12);      // 1e-12
-            CSolver[iw].preconditioner().setFillfactor(1e1);     // 1e2
+            CSolver[iw].preconditioner().setDroptol(1e-5);      // 1e-12
+            //CSolver[iw].preconditioner().setFillfactor(5e1);     // 1e2
             jsw_timer timer;
             timer.begin();
             /*  Complex system */
     }
 
     template<>
-    void EMSchur3D< Eigen::BiCGSTAB< Eigen::SparseMatrix<Complex, Eigen::RowMajor> > > ::BuildCDirectSolver() {
-        CSolver = new Eigen::BiCGSTAB< Eigen::SparseMatrix<Complex, Eigen::RowMajor> > [Omegas.size()];
+    void EMSchur3D< Eigen::BiCGSTAB< Eigen::SparseMatrix<Complex, Eigen::ColMajor> > > ::BuildCDirectSolver() {
+        CSolver = new Eigen::BiCGSTAB< Eigen::SparseMatrix<Complex, Eigen::ColMajor> > [Omegas.size()];
         for (int iw=0; iw<Omegas.size(); ++iw) {
             Csym = Cvec[iw].selfadjointView<Eigen::Lower>();
             jsw_timer timer;
     }
 
     template<>
-    void EMSchur3D< Eigen::LeastSquaresConjugateGradient< Eigen::SparseMatrix<Complex, Eigen::RowMajor> > > ::BuildCDirectSolver() {
-        CSolver = new Eigen::LeastSquaresConjugateGradient< Eigen::SparseMatrix<Complex, Eigen::RowMajor> > [Omegas.size()];
+    void EMSchur3D< Eigen::LeastSquaresConjugateGradient< Eigen::SparseMatrix<Complex, Eigen::ColMajor> > > ::BuildCDirectSolver() {
+        CSolver = new Eigen::LeastSquaresConjugateGradient< Eigen::SparseMatrix<Complex, Eigen::ColMajor> > [Omegas.size()];
         for (int iw=0; iw<Omegas.size(); ++iw) {
             Csym = Cvec[iw].selfadjointView<Eigen::Lower>();
             jsw_timer timer;
     }
 
     template<>
-    void EMSchur3D<   Eigen::ConjugateGradient<Eigen::SparseMatrix<Complex, Eigen::RowMajor>, Eigen::Lower > > ::BuildCDirectSolver() {
-        CSolver = new Eigen::ConjugateGradient<Eigen::SparseMatrix<Complex, Eigen::RowMajor>, Eigen::Lower > [Omegas.size()];
+    void EMSchur3D<   Eigen::ConjugateGradient<Eigen::SparseMatrix<Complex, Eigen::ColMajor>, Eigen::Lower > > ::BuildCDirectSolver() {
+        CSolver = new Eigen::ConjugateGradient<Eigen::SparseMatrix<Complex, Eigen::ColMajor>, Eigen::Lower > [Omegas.size()];
         for (int iw=0; iw<Omegas.size(); ++iw) {
             //Csym = Cvec[iw].selfadjointView<Eigen::Lower>();
             jsw_timer timer;
     }
 
     template<>
-    void EMSchur3D<   Eigen::ConjugateGradient<Eigen::SparseMatrix<Complex, Eigen::RowMajor>, Eigen::Lower, Eigen::IncompleteCholesky<Complex> > > ::BuildCDirectSolver() {
-        CSolver = new Eigen::ConjugateGradient<Eigen::SparseMatrix<Complex, Eigen::RowMajor>, Eigen::Lower, Eigen::IncompleteCholesky<Complex> > [Omegas.size()];
+    void EMSchur3D<   Eigen::ConjugateGradient<Eigen::SparseMatrix<Complex, Eigen::ColMajor>, Eigen::Lower, Eigen::IncompleteCholesky<Complex> > > ::BuildCDirectSolver() {
+        CSolver = new Eigen::ConjugateGradient<Eigen::SparseMatrix<Complex, Eigen::ColMajor>, Eigen::Lower, Eigen::IncompleteCholesky<Complex> > [Omegas.size()];
         for (int iw=0; iw<Omegas.size(); ++iw) {
             //Csym = Cvec[iw].selfadjointView<Eigen::Lower>();
             jsw_timer timer;
     }
 
 //     template<>
-//     void EMSchur3D<   Eigen::PastixLLT<Eigen::SparseMatrix<Complex, Eigen::RowMajor>, Eigen::Lower > > ::BuildCDirectSolver() {
-//         CSolver = new Eigen::PastixLLT<Eigen::SparseMatrix<Complex, Eigen::RowMajor>, Eigen::Lower > [Omegas.size()];
+//     void EMSchur3D<   Eigen::PastixLLT<Eigen::SparseMatrix<Complex, Eigen::ColMajor>, Eigen::Lower > > ::BuildCDirectSolver() {
+//         CSolver = new Eigen::PastixLLT<Eigen::SparseMatrix<Complex, Eigen::ColMajor>, Eigen::Lower > [Omegas.size()];
 //         //MPI_Init(NULL, NULL);
 //         for (int iw=0; iw<Omegas.size(); ++iw) {
 //             //Csym = Cvec[iw].selfadjointView<Eigen::Lower>();
 //     }
 //
 //     template<>
-//     void EMSchur3D<   Eigen::PastixLDLT<Eigen::SparseMatrix<Complex, Eigen::RowMajor>, Eigen::Lower > > ::BuildCDirectSolver() {
-//         CSolver = new Eigen::PastixLDLT<Eigen::SparseMatrix<Complex, Eigen::RowMajor>, Eigen::Lower > [Omegas.size()];
+//     void EMSchur3D<   Eigen::PastixLDLT<Eigen::SparseMatrix<Complex, Eigen::ColMajor>, Eigen::Lower > > ::BuildCDirectSolver() {
+//         CSolver = new Eigen::PastixLDLT<Eigen::SparseMatrix<Complex, Eigen::ColMajor>, Eigen::Lower > [Omegas.size()];
 //         //MPI_Init(NULL, NULL);
 //         for (int iw=0; iw<Omegas.size(); ++iw) {
 //             //Csym = Cvec[iw].selfadjointView<Eigen::Lower>();
 //     }
 //
 //     template<>
-//     void EMSchur3D<   Eigen::PastixLU<Eigen::SparseMatrix<Complex, Eigen::RowMajor>, true > > ::BuildCDirectSolver() {
-//         CSolver = new Eigen::PastixLU<Eigen::SparseMatrix<Complex, Eigen::RowMajor>, true > [Omegas.size()];
+//     void EMSchur3D<   Eigen::PastixLU<Eigen::SparseMatrix<Complex, Eigen::ColMajor>, true > > ::BuildCDirectSolver() {
+//         CSolver = new Eigen::PastixLU<Eigen::SparseMatrix<Complex, Eigen::ColMajor>, true > [Omegas.size()];
 //         //MPI_Init(NULL, NULL);
 //         for (int iw=0; iw<Omegas.size(); ++iw) {
 //             Csym = Cvec[iw].selfadjointView<Eigen::Lower>();

include/EMSchur3DBase.h

 
     /** Matrix objects representing discrete operators
      */
-    Eigen::SparseMatrix<Complex, Eigen::RowMajor>*                  Cvec;
-    Eigen::SparseMatrix<Complex, Eigen::RowMajor>                   D;
+    Eigen::SparseMatrix<Complex, Eigen::ColMajor>*                  Cvec;
+    Eigen::SparseMatrix<Complex, Eigen::ColMajor>                   D;
 
     /** Squeezed matrices for reduced phi grid
      */
-    Eigen::SparseMatrix<Complex, Eigen::RowMajor>*                  Cvec_s;
-    Eigen::SparseMatrix<Complex, Eigen::RowMajor>                   D_s;
+    Eigen::SparseMatrix<Complex, Eigen::ColMajor>*                  Cvec_s;
+    Eigen::SparseMatrix<Complex, Eigen::ColMajor>                   D_s;
 
     /** number of cells in x, set when RectilinearGrid is attached */
     int nx;

include/bicgstab.h

 
 /** \internal Low-level conjugate gradient algorithm
   * \param mat The matrix A
-  * \param rhs The right hand side vector b
+  * \param rhs The right hand side vector b5
   * \param x On input and initial solution, on output the computed solution.
   * \param precond A preconditioner being able to efficiently solve for an
   *                approximation of Ax=b (regardless of b)
     VectorXcr b = (ioms).asDiagonal() * (D.transpose()*Phi);
     VectorXcr y = solver.solve(b);
     //max_it = 0;
-    //max_it = solver.iterations();
+    max_it = solver.iterations();
     //errorn = solver.error();
     return  D*y;
 }
         tol2 = tol;
         max_it2 = 500000;
         v = implicitDCInvBPhi3(D, solver, ioms, p, tol2, max_it2);
-        max_it2 = 0; // solver.iterations();
+        max_it2 = solver.iterations();
 
         alpha = rho / r_tld.dot(v);
         s = r.array() - alpha*v.array();
         tol2 = tol;
         max_it1 = 500000;
         t = implicitDCInvBPhi3(D, solver, ioms, s, tol2, max_it1);
-        max_it1 = 0; //solver.iterations();
+        max_it1 = solver.iterations();
         omega = t.dot(s)  / t.dot(t);
 
         r = s.array() - omega*t.array();

src/EMSchur3DBase.cpp

         // First set up grid stuff
         if (Cvec) delete [] Cvec;
         //if (CSolver) delete [] CSolver;
-        Cvec    = new Eigen::SparseMatrix<Complex, Eigen::RowMajor> [Omegas.size()];
+        Cvec    = new Eigen::SparseMatrix<Complex, Eigen::ColMajor> [Omegas.size()];
 
         //#ifdef LEMMAUSEOMP
         //#pragma omp parallel for schedule(static, 1)